一、工作职责：
贯彻执行国家和自治区关于环境保护的方针政策和法律法规；受环境保护行政主管部门委托，依法对辖区内环境违法行为实施行政处罚；负责征收全区总装机容量30万千瓦以上火力发电企业二氧化硫排污费；对下级环境行政执法行为进行稽查；依法对跨省、区环境污染事故和生态破坏事件进行调查取证；对自治区境内重大环境污染事故（纠纷）、生态破坏事件进行调查处理；参与核安全设施和自然生态保护、农业生态环境保护监督检查；承办自治区环保局交办的其他工作。
为全面完成监察总队的各项目标任务，密切干群关系，加强各科（室）工作管理，使政令畅通，工作更加协调有序，提高工作效率，增强管理程序的透明度，建立总队管理体系。

二、组织机构设立：

内蒙古自治区环境监察总队内设4个科（室），办公室、管理科、征费科、稽察科。
各科、室的职能分工：

① 办公室职能：

负责对各科（室）日常、重点业务工作的协调、督办、检查、考核；
总队财务工作；机动车辆的管理；业务、文件档案管理；现场应急装备的管理；人事管理及固定资产管理辖区办事处安排的社会治安综合整治工作、计划生育等工作；
负责与法院、监察等部门业务联系；
政务公开，重大行政行为公告、告示；
总队的后勤保障服务及计算机网络管理；
领导交办的工作 ；

② 管理科职能：

排污申报审核；总队人员环保法律、法规的学习培训工作；
12369环保热线及环境信访汇总、登记、内部督办；
排污申报及有关业务数据汇总和技术报告的编制；
组织开展全区监察支队“环境监察标准化建设”工作并负责验收；
负责辖区内环境监察岗位培训，监察员资格审查；
业务目标制定、考核及业务学习计划安排；
领导交办的工作；

③ 稽查科职能：

辖区内重大环境信访接待、登记、报告、汇总并进行处理；对盟市环境违法案件执行情况进行督办；
涉及污染损害赔偿的调解处理；
对辖区内环境违法行为的查处、污染事故纠纷的调查取证并提出处理意见；
对下级环境执法行为进行稽查并提交稽查意见；
领导交办的工作；

④征费科职能：

排污费测算、汇总；
辖区内管辖的企业征收排污费；
编制汇总、上报排污收费报表，协助局计划处编制排污收费预（决）算表；
制定不易实测污染物排放量核算办法；
领导交办的工作；