在许多情况下，在开始转换之初可能会出现减产，特别是原来严重以来化肥与农药的地区。但是在那些原来对农药、化肥使用较少的地区，有机种植就可能不会减产，相反，还可能增产。原因是： 1. 通过轮作、间作和各样种植，农业生产系统的多样性得到改善。 2. 通过利用作物秸杆还田（或制作堆肥以后还田），促进了农田养分循环。 3. 较好地利用了周围生态系统的有机物质。 4. 将养殖业和种植业结合起来，改善了养分的管理水平。